引用UCSCXenaTools
王诗翔 · 2019-08-07
分类:
bioinformatics  
标签:
r  
package  
software  
UCSCXenaTools <https://github.com/ropensci/UCSCXenaTools> 是去年10月份左右开始开发的,是我写的第一个R包,目的是有效地选择和下载UCSC Xena提供的公开数据集,有利于分析的流程化和可重复性。最近该包通过了 rOpenSci 项目的审核,并极快地发表在了 JOSS 上。
JOSS 关注软件文档而不是文章内容,这一点我很喜欢,如果有朋友开发了一些工具不妨考虑下。
CRAN Badge 显示 10 个月以来该包有近 8000 次的下载量,虽然完全不能同流行包相比,但编写出来的东西能够有一些用户在使用,偶尔还有一些邮件反馈,这让我觉得比较荣幸和开心。
我知道使用该包的人大多数都是癌症科学研究者,所以请大家在发表 paper 的同时引用一下本包,这是最好的鼓励😁:
Wang et al., (2019). The UCSCXenaTools R package: a toolkit for accessing genomics data from UCSC
Xena platform, from cancer multi-omics to single-cell RNA-seq.
Journal of Open Source Software, 4(40), 1627, https://doi.org/10.21105/joss.01627
@article{Wang2019UCSCXenaTools,
journal = {Journal of Open Source Software},
doi = {10.21105/joss.01627},
issn = {2475-9066},
number = {40},
publisher = {The Open Journal},
title = {The UCSCXenaTools R package: a toolkit for accessing genomics data from UCSC Xena platform, from cancer multi-omics to single-cell RNA-seq},
url = {http://dx.doi.org/10.21105/joss.01627},
volume = {4},
author = {Wang, Shixiang and Liu, Xuesong},
pages = {1627},
date = {2019-08-05},
year = {2019},
month = {8},
day = {5},
}
最后祝大家七夕节快乐。
春风十里,不如有你~