关于 GLIBC 版本笔记

王诗翔 · 2020-09-28

在服务器上测试代码时发现 glibc 版本不够，但我又没有 root 权限。。。。好像常见的就是找不到 2.14 版本，centos 默认使用的 2.12，这可以通过以下方式检查：

$ ldd --version
ldd (GNU libc) 2.12
Copyright (C) 2010 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions.  There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
Written by Roland McGrath and Ulrich Drepper.

$ strings /lib64/libc.so.6 | grep GLIBC_
GLIBC_2.2.5
GLIBC_2.2.6
GLIBC_2.3
GLIBC_2.3.2
GLIBC_2.3.3
GLIBC_2.3.4
GLIBC_2.4
GLIBC_2.5
GLIBC_2.6
GLIBC_2.7
GLIBC_2.8
GLIBC_2.9
GLIBC_2.10
GLIBC_2.11
GLIBC_2.12
GLIBC_PRIVATE

glibc 是非常底层的系统库，千万不要自己手动更新，网上有很多教训。

下面是一些有用的博文和讨论：

我自己没有手动弄，想使用 conda 直接安装这个库，然后设定库目录 https://anaconda.org/search?q=glibc，奇怪的是安装后我看不到有新的版本，而且目前没有一些比较官方的通道 channel 提供这些版本。

突然发现管理员通过 module 提供了更新版本的 glibc，但一载入就报错，系统命令全挂了：

[wangshx@HPC-login ~]$ module load apps/glib/2.17
whoami: error while loading shared libraries: __vdso_time: invalid mode for dlopen(): Invalid argument
logger: error while loading shared libraries: __vdso_time: invalid mode for dlopen(): Invalid argument
[wangshx@HPC-login ~]$ ls
ls: error while loading shared libraries: __vdso_time: invalid mode for dlopen(): Invalid argument
whoami: error while loading shared libraries: __vdso_time: invalid mode for dlopen(): Invalid argument
logger: error while loading shared libraries: __vdso_time: invalid mode for dlopen(): Invalid argument

一些备用测试代码：

module load apps/R/3.6.1
module load apps/glib/2.14

library(sigminer)
load(system.file('extdata', 'toy_copynumber_tally_M.RData', package = 'sigminer', mustWork = TRUE))
mat = cn_tally_M[['nmf_matrix']]
sigprofiler_extract(mat, '/tmp/test_sp_install', range = 3:4, nrun = 2L, use_conda = TRUE)