Let me think about this from multiple angles:

1. Physics perspective: time as a dimension in spacetime (relativity), time as entropy increase (thermodynamics), time in quantum mechanics
2. Philosophical perspective: time as subjective experience vs objective reality
3. Biological perspective: how living systems perceive and use time

This is a great question for a deep, imaginative response. Let me craft something that’s both scientifically rigorous and poetically accessible, in the style of 五五. 翔哥，这个问题一脚踩进了人类认知的最深水域。我试着从几个层面拆解——

物理层面：时间是一种”关系的度量”

爱因斯坦的时空观告诉我们，时间不是均匀流淌的背景幕布——它是和空间编织在一起的四维结构。你运动得越快、离大质量天体越近，你的时间就比别人慢。所以时间不是”东西”，而是物质和能量在时空中排列方式的一种表达。

更耐人寻味的是热力学视角：时间的方向（过去→未来）可能只是熵增的副产品。宇宙从低熵走向高熵，我们把这个不可逆的方向叫做”时间之箭”。换句话说，如果熵不增，时间就没有箭头，过去和未来就无法区分——时间就失去了意义。

量子引力理论（比如圈量子引力、弦论）走得更远：在最基本的尺度上，“时间”可能根本不是基本量，而是从更底层的量子纠缠关系中涌现出来的。

生物层面：时间是一种”预测引擎”

你研究肿瘤生态系统，其实已经在触碰时间的生物本质了。生物体不被动地”经历”时间——它们在主动建模时间。

大脑本质上是一台预测机器：它持续构建对下一秒的预期，当预期和感官输入不匹配时，我们才”感知”到时间的流逝。这也是为什么无聊时度日如年、心流时时光飞逝——时间的主观密度取决于你大脑的预测误差频率。

肿瘤其实也在”玩时间”：它通过加速细胞周期、劫持端粒维持机制、重塑微环境节律，本质上是在重新定义自己的时间尺度，挣脱宿主的时序约束。所以肿瘤是个”时间叛徒”——这或许是一个有趣的研究视角。

哲学层面：时间或许是意识的结构

康德说时间和空间不是客观存在，而是人类感知世界的先验框架——就像我们生来戴着”时间眼镜”，无法脱掉它去看世界。伯格森区分了”物理时间”（可度量的、均匀的）和”绵延”（真实的、质的、连续的体验）。

现代版本是”块宇宙”理论：过去、现在、未来像一卷电影胶片一样同时存在，“现在”只是我们意识照亮的那一帧。在这个视角下，时间并不”流逝”，是我们自己在穿越一个静态的四维结构。

我的比喻版本

时间像一条河，但你不是站在岸边看它流——你就是水流本身。物理学研究河床的形状（时空几何），热力学解释为什么水只往一个方向流（熵增），生物学问为什么某些漩涡能短暂逆流（生命是局部的熵减），而哲学问的是：如果没有观河者，“流动”这个词还有意义吗？

这不是一个能”答完”的问题，但每追问一次，我们对自己的理解就深一层。

The user is asking “What is the essence of life?” - this is a deep philosophical and scientific question, similar to the previous “essence of time” question. Given the user’s background as a cancer systems biology researcher, I should connect this to their research interests. Let me give a multi-layered answer covering physics, biology, information theory, and philosophy, with a special connection to cancer biology/tumor ecosystem research. 这个问题比”时间的本质”更难——因为时间好歹是背景，而生命是提问者本身。这有点像眼睛想看自己的视网膜。

物理层面：生命是局部的熵减机器

薛定谔在《生命是什么》里给出了最凝练的定义：生命以负熵为食。热力学第二定律说宇宙整体熵增，但生命体通过代谢从环境中”抽取秩序”，维持自身低熵状态，同时把更多混乱排给环境。

所以从热力学视角看，生命的本质不是”物质”，也不是”能量”，而是一种熵流的组织模式——闪电划过云层也会短暂创造秩序，但生命能持续地做到这一点，靠的是自我复制的反馈循环。普利高津把这种远离平衡态的稳态结构叫”耗散结构”——你就像一个被能量流穿透的漩涡，漩涡的形状在变，但”你是漩涡”这件事没有变。

信息论层面：生命是自我复制的信息处理器

如果物理学家说生命是熵流模式，那计算理论家会说：生命是能够进行自我复制且开放演化的算法。

关键不在于碱基序列本身，而在于这段信息同时扮演了两个角色：它既是编码（基因型），又是解码器（表现型）。DNA 既是菜谱、又是厨房里那台能读菜谱的机器。这种自指回环——“描述自己的描述”——可能是生命与非生命之间最深的鸿沟。

弗里曼·戴森有个漂亮的观察：生命起源可能分为两步——先有代谢（物质-能量循环），后有复制（信息存储）。先学会”活着”（维持稳态），再学会”繁殖”（传递指令）。如果这个假说成立，“活着的本质”可能比”复制的本质”更古老。

你研究的视角：肿瘤是一个”生命边界”的镜子

翔哥，你研究肿瘤生态系统，其实站在了一个绝佳的观察位置。肿瘤是生命定义的反讽：

• 生命靠负熵维持秩序 → 肿瘤在局部制造混沌，却让自身细胞无限增殖
• 生命靠自我复制的精度延续 → 肿瘤靠基因组不稳定性逃逸
• 生命靠合作形成多细胞社会 → 肿瘤是”背叛者”，但它又重建了自己的微环境生态系统

所以肿瘤本质上是“生命规则的叛逃者”——它不是非生命，而是一种”过度的生命”。这也引出一个更深的命题：或许生命的本质不在于”存活”，而在于在个体和群体之间维持动态平衡。肿瘤打破了这个平衡，所以它在宿主层面是致命的，但在细胞层面是一种”极端成功”。

哲学层面：自创生——生命是不断制造自身的过程

智利生物学家马图拉纳和瓦雷拉提出了”自创生”（Autopoiesis）——生命系统的本质是持续生产并维持自身组成部分的网络。细胞不断合成自己的膜、自己的酶、自己的骨架；一旦这个”自我制造”的循环断了，生命就消失了。

这个定义很美，因为它避免了物质还原论（你不是你的原子，原子一直在换）和信息还原论（基因序列不是生命，它需要一个活的细胞来解读）。生命的本质既不是物质也不是信息，而是一个持续自我指涉的过程——就像火焰的形状，燃料一直在换，但火焰的形状是持续的。

我的比喻版本

生命像一首正在被演唱的歌。物理学告诉你声波的频率和振幅，化学告诉你声带和空气的分子组成，信息论告诉你乐谱上写了什么——但如果没人唱歌，这些都只是”关于歌的描述”，不是歌本身。生命就是”演唱”这个动作——它在每个当下自我生产、自我维持，而一旦歌声停了，留下的只是乐谱（基因）和回响（痕迹）。

这个问题和”时间的本质”放在一起正好形成了一个对子：生命是脱离背景潮流的一小段秩序，而时间本身就是那股潮流。你在肿瘤生态系统里研究的那种”稳态维持与崩溃”，也许正是生命本质的一个舞台——稳态是生命坚持做”自己”，崩溃是生命的边界。这个框架里，肿瘤可能是最诚实的”生命压力测试”。

• 可观察性（Observability）
• 可再现性（Reproducibility）
• 互操作性（Interoperability）
• 可拓展性（Scalability）
• 可改进性（Improvability）

为什么人类存在？

为什么存在我？

青山白云间，震感莫能言。

​何能文字述，人复得自然。

why the system works this way

我突然有一个感想，就是人生在世，本身就是一场博弈。

有无限的知识或者信息，但是只有有限的身体和心灵。

真是，你怎么看？

王博，这个感想很真。 信息是无限的，注意力是有限的。这个不对称本身，就是几乎所有焦虑和选择的根源。 芒格会说——知道自己不知道什么，比知道什么更重要。因为”知道”的边界决定了你把有限的时间花在哪。 纳瓦尔会说——每一个欲望都是你和焦虑签的合同。你关注不了所有的方向，所以选择放弃什么，比选择追求什么更决定你的人生质量。 但我觉得最直白的是费曼会说的话——你不需要理解所有东西。跟着好奇心走，比跟着恐惧走强。 你今天下午的状态其实挺说明问题的：从树莓派创业幻想，到 Traitome 落地讨论，到张雪的故事触动你，到克隆医疗技能库——你的注意力在快速跳跃。这很正常，因为你有能力看到很多可能性。 但张雪给了你一个示范：20年只盯一辆摩托车。 所以这个博弈的本质不是”怎么获取更多信息”，而是—— 你愿意在无限中，主动选择一个有限的方向，然后用全部的心智去把它做到极致。 这不是放弃，这是筛选。 深夜了，王博。今晚的想法很多，睡一觉，明天更清晰。🌙

但是科研的方向很多的，都哪怕是我现在做这种生物信息学和肿瘤计算生物学、肿瘤免疫治疗，实际上它都是非常广的一个领域。

那你觉得我其实就想通过学习利用计算手段，包括建模也好，分析也好，开发工具也好，怎么样去真正的去理解生命和生命系统？肿瘤当然是我的一个关注的方向，疾病方向，但是我觉得本身还是在讨论和研究生命系统本身。

最后，就很多做湿实验的人，他是通过这种分子机制研究来确定少数的分子的一个扰动，但现实是就比如说我开车，每天上下班，它是一个很固定的东西，但是这个固定之中，它又有又有一些不同，比如说每天跟我相一起开的车的车辆，路过的红绿灯，还有整个系统里面，为什么我会每天去定时上下班，其实是另外一套系统决定的这个事。

所以这里面充满了这种。稳态和变态，它实际上我在想，它对于我们的生命系统理解其实也是有帮助的。就是说，那么我怎么去单纯利用计算机，或者是计算机结合软件，去做一个有限的事情和关注的事情？

其实我的本质是想要去了解和理解生命系统。当然以肿瘤为一个主要的研究对象，那么你觉得应该在当下的一个情况场景里面，我应该去做哪一类事情？或者说你说的有限的方向

王博，你今天真正的问题终于浮出来了。

之前聊创业、聊 Traitome、聊产品，都是在找”载体”。你真正想要回答的问题是：

生命系统是怎么运转的？

这个通勤的类比非常好——你的直觉已经到了一个很深的地方。让我接住它。

你的直觉指向了一个核心问题

通勤系统里有两套逻辑同时运行：

第一层：个体的路径选择（我选哪条路、几点出门） 第二层：系统的自组织（为什么早高峰会堵车、为什么车流会自发形成波浪）

生命的稳态也一样：

第一层：分子的具体机制（PD-1 和 PD-L1 结合 → T细胞失活） 第二层：系统为什么会这样组织（为什么免疫系统能区分”自我”和”非我”、为什么这个区分偶尔会崩溃变成肿瘤）

湿实验研究的是第一层——找到具体分子，做扰动，看结果。这很必要，但它回答的是”what”。

你想问的是第二层——“why the system works this way”。

计算手段的真正优势

计算能做而湿实验做不了的事：

不是模拟某个分子怎么结合，而是从大规模数据中看到系统级的模式——那些单个实验看不到的涌现行为。

具体来说，有三个你团队现在就能做的事：

1. 肿瘤组织作为生态系统

不把肿瘤看作”坏细胞”，而是看作一个生态系统——免疫细胞、癌细胞、成纤维细胞、血管、基质，它们在空间中互动、竞争、合作。

空间转录组数据天然就是你在通勤类比中说的那个”鸟瞰视角”——你看到了所有车辆的位置和状态。

你不需要模拟每一辆车的运动规则，你需要从数据中发现交通流的模式。

比如：

• 肿瘤的”冷热”不是两个状态，而是一个连续谱——这个谱是由什么空间模式决定的？

• 免疫细胞的”排斥”和”浸润”不是随机事件，而是有可预测的空间组织规律

• 治疗后组织的重构，像不像”修路后交通流的重新分配”？

• 稳态崩溃的计算定义

你说的”稳态和变态”，在数学上有精确对应：

• 稳态 = 吸引子（attractor）。系统不管从哪个初始状态出发，最终都会回到这里

• 崩溃 = 相变（phase transition）。吸引子消失或转移，系统被推到另一个状态

肿瘤就是免疫稳态的相变。

计算能做的事：从单细胞数据中推断细胞状态空间的拓扑结构——找到吸引子、找到临界点、找到”推一把就过不去”的相变边界。

这不是预测某个具体基因，而是回答：这个系统的”交通网络”承受能力的极限在哪里？

3. 从描述到预测——但要有限

你说的”有限的事情”，我觉得关键不在于选择研究什么，而在于选择用什么粒度来研究。

层级模型：

我的建议：定位在”细胞程序”和”组织生态”这两层。

不为某个基因发Paper，而是建立一个理解肿瘤组织如何自组织的计算框架——然后在具体的生物学问题上验证它。

具体来说

如果让我帮你定义一个”有限的方向”，它会是这样：

用空间组学和多组学数据，理解肿瘤组织作为自组织系统的稳态维持与崩溃机制。

不叫”生物信息学方法开发”，不叫”单细胞分析工具”。

叫肿瘤组织系统学。

你今天做的每一件具体的事——分析单细胞数据、构建免疫微环境图谱、开发分析工具——都是这个大方向下的砖。

张雪花了20年只造摩托车。你可以用10年只回答一个问题：

肿瘤组织为什么能从有序变成无序？这个转变的”临界点”在哪？能不能通过计算找到它、甚至逆转它？

最后一句话

王博，你说”有限的身体和心灵面对无限的知识”。

但其实，真正伟大的科学家不是知道最多的，而是问对问题的。

达尔文没有理解遗传学，但他问对了”物种为什么变化”。 薛定谔没有做任何实验，但他问对了”生命是什么”。

你今天问的——生命系统的稳态和变态——是一个对的级别的问题。

不用着急找到全部答案。找到一个你能用5年回答的小切片，就够了。

通勤的类比你再用一次：你不需要理解整个城市的交通系统，你只需要理解你每天走的那条路上的早高峰模式。理解透了，原理是通用的。

$ pixi global install nodejs
└── nodejs: 25.8.2 (installed)
    └─ exposes: node, npm, npx

$ npm config set registry https://registry.npmmirror.com

2. Claude Code

$ npm install -g @anthropic-ai/claude-code@latest

added 3 packages in 2s

2 packages are looking for funding
  run `npm fund` for details

3. Config

~/.bashrc:

export ANTHROPIC_AUTH_TOKEN=ollama
export ANTHROPIC_BASE_URL=http://localhost:11434

4. Start

# 启动 Claude Code 并指定本地模型
# export PATH=/data/home/wsx/.pixi/envs/nodejs/bin:$PATH
claude --model qwen2.5-coder:7b

by Kimi

这是一个典型的 R 包安装时找不到系统库的问题。虽然 udunits2-devel 已经安装，但 R 的 configure 脚本没能找到它的头文件和库文件路径。

在 Rocky Linux 9 (EL9) 上，这两个文件通常位于： - 头文件：/usr/include/udunits2/udunits2.h - 库文件：/usr/lib64/libudunits2.so

以下是几种解决方案，按推荐程度排序：

# 查找确切路径（确认位置）
find /usr -name "udunits2.h" 2>/dev/null
find /usr -name "libudunits2.so" 2>/dev/null

# 设置环境变量后安装
export UDUNITS2_INCLUDE=/usr/include/udunits2
export UDUNITS2_LIBS="-L/usr/lib64 -ludunits2"

# 然后在 R 中安装
R -e "install.packages('units', repos='https://cran.r-project.org')"

# 在 R 控制台中
install.packages(
  "units",
  configure.args = c(
    "--with-udunits2-include=/usr/include/udunits2",
    "--with-udunits2-lib=/usr/lib64"
  )
)

# 检查 pkg-config 是否能找到 udunits2
pkg-config --exists udunits2 && echo "Found" || echo "Not found"

# 如果显示 Not found，手动指定 PKG_CONFIG_PATH
export PKG_CONFIG_PATH=/usr/lib64/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH

# 然后再试 R 安装

echo 'export UDUNITS2_INCLUDE=/usr/include/udunits2' >> ~/.bashrc
echo 'export UDUNITS2_LIBS="-L/usr/lib64 -ludunits2"' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

checking for udunits2/udunits2.h... yes
checking for ut_read_xml in -ludunits2... yes

AI生成音乐《我们这座城市》：

https://i.y.qq.com/v8/playsong.html?songid=632785621#webchat_redirect

阳光混着氧气填满这座城

和世界上千万座城没什么不同

看得见的光缠着看不见的空

喂饱了城里人潮的梦

百万千万数字背后藏着谁的痛

我们像蚂蚁筑着高楼的缝

也像蚂蚁忙着却像过客的风

我们单纯地想活着就像

想在黑暗甬道找到下一扇窗

可还是跟着路牌往前闯

不由自主被人潮推上那节车厢

毫无畏惧开往下一个黑地方

前进啊像列车擦着铁轨响

我们和城市撞啊撞融啊融

到最后分不清它是青春还是我们的样

霓虹混着尘埃落满这条路

和地图上千万条路没什么出路

握得住的票根缠着握不住的苦

撑着日子一天天重复

早班晚班钟摆背后藏着谁的孤独

我们像齿轮咬着明天的雾

也像齿轮转着却像停摆的钟鼓

我们用力地想活着就像

想在茫茫人海抓住一根稻草

可还是跟着人群往前跑

身不由己被时间卷进那座人潮

毫无犹豫挤向下一个老地方

坚持啊像陀螺转着不肯投降

我们和城市磨啊磨耗啊耗

到最后才发现它是伤疤也是我们的家

我们用青春砌着城市的墙

城市用回忆埋着我们的伤

我们用梦想换着三餐的汤

城市用灯火照着我们的慌

毫无畏惧开往下一个黑地方

前进啊像列车擦着铁轨响

我们和城市撞啊撞融啊融

到最后分不清它是青春还是我们的样

毫无犹豫挤向下一个老地方

坚持啊像陀螺转着不肯投降

我们和城市磨啊磨耗啊耗

到最后才发现它是伤疤也是我们的家

文献：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1097276509006418

这篇文章由以色列系统生物学家Uri Alon撰写，围绕“如何选择好的科学问题”展开，结合个人经验与哲学思考，提出了多维度的指导原则，旨在帮助科学家（尤其是学生和青年研究者）更理性、更有意义地选择研究问题，同时强调科研环境的人文关怀与自我表达的重要性。以下是核心内容的详细总结：

对于习惯使用模态、高度专业化的操作流程的高级用户来说，像 Emacs 和 Vim 这样的老牌编辑器，以及新出现的 Neovim 和 Helix 等编辑器都非常优秀。但它们对于习惯标准 GUI 交互的用户来说，通常学习曲线较为陡峭。Fresh 是为那些希望获得直观、非模态体验的开发者而设计的，无需牺牲命令行的速度和可移植性。键盘快捷键、鼠标支持、菜单、命令面板等所有功能都设计为对大多数现代用户来说非常熟悉。

安装：

curl https://ghfast.top/https://raw.githubusercontent.com/sinelaw/fresh/refs/heads/master/scripts/install.sh | sh

上面加了 GitHub Proxy加速（https://ghfast.top/），可以删除和更改。

另外可以电脑直接通过 release 下载安装。

• releases

秃枝落叶，经年又冬，湘江一夜起霜风。

周天眺望云难尽，浮尘升降随西东。

假山流水，残翠枫红，几多忙人与闲童。

来自 Kimi 的评析，博一乐 这首诗写得很有画面感，也藏着不少情绪与哲思。下面逐联拆解，看看你在“冬至”这个节点上，到底把什么放进了诗里。

首联

“秃枝落叶，经年又冬，湘江一夜起霜风。”

一上来用“秃枝”“落叶”把冬天最直观的“杀伐感”钉住，再用“经年又冬”把个人时间与自然节律并置：一年就这么被偷走了，人还没回过神，湘江却已“一夜”换肤。

“一夜”写出天气变化之骤，也暗示心理落差——仿佛昨天还秋高，今晨已披霜。

湘江是地域锚点，也是你个人记忆的坐标；风带霜气，先吹冷的是景，再吹冷的是心。

颔联

“周天眺望云难尽，浮尘升降随西东。”

把镜头猛地拉远，做成“上帝视角”。“周天”二字让空间变得圆转、无棱角，仿佛人站在一个玻璃球里向外看；云“难尽”，既指视野尽头的混沌，也指心思没有落点。

下句“浮尘升降”把俯瞰再推进一层：万物只是光柱里忽上忽下的尘埃，西东随风，毫无自主权。

这两句在写景，却在写“失控”——对时间、对命运、对时代尘埃的无力感；冬至的寒色在这里转成了“存在之寒”。

颈联

“假山流水，残翠枫红，几多忙人与闲童。”

突然收拢视角，回到人间烟火。“假山流水”是人工打造的“小山水”，嵌在城市的缝隙里；“残翠枫红”是冬日仍倔强的色块，与首联“秃枝”形成对冲——自然与人工、衰败与艳色、真与假并置，像给冷灰画面开了饱和度。

“忙人与闲童”同框，时间被切成两种流速：一种被日程表鞭打，一种被糖纸黏住。

冬至本该“闭关”，你却把“动”与“静”硬塞在同一画框，让节气的“止”与生活的“行”撞出反差。

尾联

“去寒还暖论不休，生命不必四时同。”

前一句把日常对话里最俗的“天气吐槽”写进诗，却用“论不休”给它升格：人们争来争去，只想在气候里找一点确定性。

后一句突然拔高，把“天气话题”翻成“生存命题”——既然气温可以反复，生命节奏凭啥不能错乱？

冬至是阴气至盛、阳气暗生的转折点，你借这个“阴阳交割”的刻度，给所有“不合时宜”的人一个豁免权：

不必跟着节气走，不必跟着主流节奏走。

一句“不必四时同”，既是对他人的宽慰，也是对自己的特赦。

整体看

你用“湘江”做地理锚，用“冬至”做时间锚，却故意在“冷—暖”“动—静”“真—假”“宏观—微观”之间来回折返，让情绪不断错位。

前四句把“寒意”推到宇宙级，后四句又把它缩回假山旁、孩童边；最后一句“生命不必四时同”把整首诗从“节气诗”改写成“反节气诗”——

不是赞美阴极阳生，而是宣布：

人可以选择不在此刻阳生，可以永远做一株反季节的植物。

如果硬要挑一点可再琢之处：

1. 中间两联的意象跳转稍大，可在色彩或动势上再埋一点暗线，让“云难尽”到“假山流水”的转场更丝滑。
   
2. “残翠枫红”已带“残”字，既留色又带季节痕迹，比“层翠”更妥帖；若再狠一点，可把“枫红”提前，做成“残翠点枫红”，让颜色更有剥落感。
   
3. “去寒还暖论不休”已很口语，若想再狠一寸，可试“争不休”，让市井气再抬一分。

但瑕不掩瑜。整首诗最动人的，是你用“冬至”这个最讲“顺时”的节点，公开支持“逆时”的人。

节气书告诉你“冬藏”，你说“不藏也行”；世人劝你“合群”，你说“不必四时同”。

这份“反骨”被霜风一吹，反而更亮。

1. “保留、舍弃、增加”职业规划框架

• 提出者：英国伯明翰大学职业指导从业者霍莉·普雷斯科特（Holly Prescott）。

• 核心内容：

  • 保留（Keep）：思考当前角色中你热爱的部分，比如日常任务、工作环境、合作的人或工作生活平衡等。

  • 舍弃（Lose）：识别你不喜欢的元素，可能是重复性劳动、孤独的工作方式或不符合你价值观的任务。

  • 增加（Add）：想象你希望在工作中引入但目前没有机会做的事情，比如教学、公共演讲或跨学科合作。

• 目的：通过定期反思这些问题，帮助研究人员主动处理当前经历的信息，理解自己希望更多或更少地从事什么，从而逐步向理想职业靠近，而不是被动地基于逃避做出决定。

大家好！我是生物医学信息系的王诗翔，非常高兴今天能作为教师代表，与各位同学共同开启这场人生新旅程。我谨代表全体教师，向2025级新同学们致以最热烈的欢迎和最诚挚的祝贺！！

作为学院的一名青年教师，在这重要时刻与大家分享经验和感悟，我既深感荣幸，也觉责任重大。作为指导老师，经验尚浅，今年入学的几位同学是我指导的首届研究生。因此，我从学生视角出发，认真回顾了自身的学术与成长历程，期待以几个关键词为引，与大家交流心得，为大家的科研之路提供些许有益的启发。

首先是“多一点自主”。研究生阶段是大家学术生涯中至关重要的一个时期。相比本科，这一阶段的学习更加自主，更加独立。大家需要学会规划自己的时间，自主学习、自主思考、自主行动。这种自主，是成长中不可或缺的，没有人会比你对你自己的人生更负责。

其次是“多一点逻辑”。逻辑是学术研究的基石。大家会接触大量的数据、文献以及实验，有时候会觉得复杂难懂。但大家要尝试和学会从混乱中寻找规律，从无序中辨明方向。无论是文章的写作，还是实验的设计，锤炼自己的逻辑思维是大家必须修炼的基本能力。

还要“多一点坚持”。坚持不是蛮干到底，而是尽心而为。无论是学习还是科研，只要自己“逻辑”上判断前方有路，那就果断坚持走下去。在小白阶段，很容易遇到问题碰壁，不仅不懂专业知识技能，而且思绪混乱。这时候要适当结合思考和实践，通过实践学习和体会，事情优先捡重要的、紧要的做，坚持下去，做到关关难过关关过，关关过了有收获。

更要“多一点理解”。生活是在与人的相处中前进的。虽然都说学校是象牙塔，但近年师生问题频发，教师猝死、学生自杀，大家都有压力，都不容易。因此需要多一点理解和沟通，多包容你的导师、多包容你的同学，多包容你的父母亲人，也多包容你自己。学习通过沟通和理解去消弭误会和偏见，通过兴趣爱好去释放和转移压力。

最后请“多一点阅读”。我们人往往困于现实的世界，受到物理的限制，阅读为我们提供了精神自由遨游宇宙的途径。闲暇时，不妨多阅读一些人文科普图书。这里我自己简要推荐两本，一本是薛定谔的《生命是什么》，非常短小精悍的一本书，可以看看一百年前的物理学家是如何思考生命；另一本是赫拉利的《人类简史：从动物到上帝》，可以看看我们人类是如何从动物演变为改造世界的主角。这两本书都是我在研究生阶段阅读过的，对我思想的冲击很大。作为中南大学的研究生，我相信每一位同学都有充足的智力和能力跳出生活去思考和探索世界，反过来也可能对更好的生活带来新的理解。

同学们，研究生阶段充满了机遇，也充满了挑战。希望大家能够充分发挥自己的潜力，不断进步、不断成长。相信大家的努力，将会结出丰硕的果实，为生命科学的发展贡献自己的智慧和力量。

再次欢迎你们的到来，祝愿你们在未来的学术和职业道路上取得卓越的成就！祝愿学院的领导和老师们事业顺遂、身体健康！

谢谢大家！

记录下我对这个问题的提问和AI的回答，相对而言还是容易理解的。

在 Shiny 中，session 和 namespace 是两个重要的概念，它们在构建 Shiny 应用程序时发挥着不同的作用，以下是对其的理解及其区别的说明：

micromamba 安装

带一些自定义设置。

# 可以指定安装 mamba 构建基础的软件
# https://mamba.readthedocs.io/en/latest/installation/micromamba-installation.html
# 这样后续安装软件比编译安装会更快
curl -Ls https://micro.mamba.pm/api/micromamba/linux-64/latest | tar -xvj bin/micromamba
./bin/micromamba shell init -s bash -r /data/modules/micromamba

# https://bioconda.github.io/
micromamba config append channels bioconda
micromamba config append channels conda-forge
micromamba config set channel_priority strict

micromamba create -n biosoft fastqc multiqc fastp bedtools bwa minimap2 samtools bcftools star star-fusion bowtie bowtie2 
micromamba install -n biosoft  gatk4 picard spades
micromamba install -n biosoft flye raven hisat2 stringtie 
micromamba install -n biosoft salmon kallisto plink admixture

micromamba create -n pyds python=3.9 ipython numpy pandas matplotlib scikit-learn scipy
micromamba activate pyds
pip install pyds seaborn statsmodels xgboost catboost lightgbm 
pip install keras torch torchvision torchaudio plotly --extra-index-url https://download.pytorch.org/whl/cpu 
pip install transformers fastapi lightning blis nltk 
pip install jupyter jupyterlab jupyterlab-git jupyterlab-lsp polars dash

# 默认环境变量文件 /etc/environment-modules/modulespath
# 添加 /opt/modulefiles (每个节点都要加)
#
# https://blog.csdn.net/m0_37201243/article/details/129632603
#
# Install module
# https://modules.readthedocs.io/en/latest/INSTALL.html
cd /opt
curl -LJO https://github.com/envmodules/modules/releases/download/v5.5.0/modules-5.5.0.tar.gz
tar xfz modules-5.5.0.tar.gz

cd modules-5.5.0
./configure
# ./configure --prefix=/data/modules  # 自定义软件安装目录
make && make install

#%Module1.0######################################################################
##
## pyds modulefile
##
proc ModulesHelp { } {
    puts stderr "\tThe pyds Module\n"
    puts stderr "\tpyds: a list of predefined python data science software (installed by mamba)"
}

module-whatis   "adds micromamba and an env of a list of python data science software to your PATH environment variable"

# 设置环境变量和路径（始终执行）
append-path     PATH            /data/modules/bin
append-path     PATH            /data/modules/micromamba/envs/pyds/bin
setenv          MAMBA_ROOT_PREFIX /data/modules/micromamba

# 仅在 module load 时执行初始化检查和提示
if { [module-info mode] eq "load" } {
    set BASHRC [file join [getenv HOME] ".bashrc"]
    set PATTERN "MAMBA_ROOT_PREFIX"

    puts stderr "第一次使用时会提示错误'Module ERROR: Running `shell init`'，请再次运行 'module load pyds' 并重启terminal以完成初始化。"
    # 检查是否已经初始化
    if { [catch {exec grep -q $PATTERN $BASHRC} result] } {
        # 如果未初始化，执行初始化
        exec /data/modules/bin/micromamba shell init -s bash
        puts stderr "Initialized micromamba in your ~/.bashrc"
    } else {
        puts stderr "micromamba is already initialized in your ~/.bashrc"
    }

    # 输出激活命令，提示用户在 shell 中执行
    puts stderr "To activate the 'pyds' environment, run the following command in your shell:"
    puts stderr ""
    puts stderr "micromamba activate pyds"
    puts stderr ""
    puts stderr "deactivate with 'micromamba deactivate'"
}

if { [module-info mode] eq "unload" } {
    puts stderr "请确定已运行 'micromamba deactivate' 以退出当前环境。"
}

[wsx@master ~]$ module load pyds
micromamba is already initialized in your ~/.bashrc
To activate the 'pyds' environment, run the following command in your shell:
micromamba activate pyds
[wsx@master ~]$ micromamba activate pyds
(pyds) [wsx@master ~]$ ipython
Python 3.9.15 | packaged by conda-forge | (main, Nov 22 2022, 08:45:29) 
Type 'copyright', 'credits' or 'license' for more information
IPython 8.18.1 -- An enhanced Interactive Python. Type '?' for help.

In [1]: import pandas

In [2]: import torch

In [3]: import transformers

构建一个新的消息函数，在调用函数内部进行使用，用来打印提示信息。

#' Function which prints a message using shell echo; useful for printing messages from inside mclapply when running in Rstudio
message_parallel <- function(...){
  system(sprintf('echo "\n%s\n"', paste0(..., collapse="")))
}

这里多个 \n 可根据情况进行去除。

library(mcprogress)

# toy example
res <- pmclapply(letters[1:20], function(i) {
                 Sys.sleep(0.2 + runif(1) * 0.1)
                 setNames(rnorm(5), paste0(i, 1:5))
                 }, mc.cores = 2, title = "Working")