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下载和分析TCGA数据的RTCGA包安装与使用

发表于 2017-08-16 | 分类于 R |

本文来自对官方文档的翻译学习,原3-29发于wordpress。因为网络不太好,那个博客已差不多弃用了。

安装

在R或者Rstudio交互界面输入:

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
 biocLite("RTCGAToolbox")

Windows下,如果安装出现问题,请查看依赖包是否完整。我安装时发现XML包可能需要单独安装。

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Git使用手册

发表于 2017-08-14 | 分类于 Linux |
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Linux结构化命令

发表于 2017-08-11 | 分类于 Linux |
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构建基本shell脚本

发表于 2017-08-11 | 分类于 Linux |
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用Github搭建自己免费的个人博客

发表于 2017-08-11 | 分类于 Documentation |

咳咳,如果你想要公开你的博客。买域名还是要钱滴,我不会告诉你我花了一块钱。

网上关于这方面的素材已然不少,但是我还是想跟大家讲讲,一是谈谈感受,二是推荐下NexT主题。我的个人博客也是最近几天搭建好的,你可以通过点击查看主题效果。

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怎么用R画出好看的生存曲线

发表于 2017-08-10 | 分类于 R |

一般想要画的图形不知道函数的时候,就寻求搜索引擎的帮助。之前一直是用百度查找怎么画生存曲线,出来的都是关于survival包的介绍。像http://www.yiibai.com/r/r_survival_analysis.html介绍了基本用法,而http://www.dataguru.cn/thread-230939-1-1.html与http://www.cnblogs.com/wwxbi/p/6182851.html则更为实用一些,还有生信菜鸟团有关于画TCGA数据生存曲线的。这些博文或帖子使用的都是survival包。当然如果只是简单看看差异,我认为用它画图基本够了。但是如果想要把它放到文章或者提交什么工作报告,我觉得它的表现力实在差劲。

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看我回来路上发现了什么?

发表于 2017-08-09 | 分类于 Photo |
看我回来路上发现了什么
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怎么分析和展示RNAseq基因表达数据中基因的相关性

发表于 2017-08-08 | 分类于 R |

介绍

TCGA是癌症基因组分析中相当流行的数据库,针对里面数据的挖掘结果、软件工具发表了许多CNS文章,不过现在已经被整合进GDC数据平台了。虽然现在测序技术发展的很快,单个样本测序成本比较之前而言低了很多,但是对于单个课题组研究而言,对大量样本的测序成本还是有些难以承受。TCGA的数据集提供了一个很好的平台,我们既可以分析它衍生新的课题,也可以通过它为自己分析的结果佐证。今天的分析用的就是TCGA肺腺癌的数据集(TCGA-LUAD),可以点击这里进入UCSC的数据集资源库下载。

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Emoji Test

发表于 2015-09-19 |

This is an emoji test. :smile: lol.

See emoji cheat sheet for more detail :wink: : https://www.webpagefx.com/tools/emoji-cheat-sheet/.

:bowtie::smile::laughing::blush::smiley::relaxed::smirk: :heart_eyes::kissing_heart::kissing_closed_eyes::flushed::relieved::satisfied::grin:

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Gallery Post

发表于 2014-11-18 | 分类于 Photo |
Gallery Post Test. 测试图片类文章的显示。
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诗翔

诗翔

逢君一笑,人间无此欢喜

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