Duplication Rate 经验值

note
bioinformatics
Author

Shixiang Wang

Published

August 1, 2023

最近处理 RNA-Seq 的原始数据,用 fastp 发现 duplication rate 很高,有不少 60% 的,比较奇怪。

搜索了下常见的值,记录一下。

Duplication Rate经验值

WES:数据量约10G时,Duplication rate在10%左右;

WGS:数据量约90G时,Duplication rate在10%左右;

RNA-seq:Duplication rate在40% ~ 50%左右;

WGBS:>10G, Duplication rate > 10%;

多重PCR试剂盒和靶向捕获Panel,差异很大,跟需要测序的区域以及测序量有关,通常情况下只要中靶部分数据质量足够好,Duplication rate不是一个重要的考虑指标。

参考文章:https://zhuanlan.zhihu.com/p/635160066