第 1 章 准备工作

想要在本地计算机上运行 R 语言代码,读者需要安装 R。为了方便 R 语言环境的使用和代码编写,我推荐读者使用 RStudio 公司开发的 R 集成开发环境(IDE)RStudio。

如果读者已经在计算机上安装好 R 和 RStudio,可以跳过本节内容。

如果读者倾向于使用像 VS Code 和 Idea 这样的流行编辑器,请自行安装对应的 R 语言拓展插件。

1.1 R 的下载和安装

点击链接 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/ 进入 CRAN 的清华镜像源,选择与自己操作系统对应的 R 进行下载。

  • Windows 系统用户进入 base 子目录,点击 Download R x.x.x for Windows
  • MacOS 系统用户通过镜像地址进入 R for Mac OS X 页面后,点击 R-x.x.x.pkg 进行下载。
  • Linux 系统发行版众多,且需要一些额外的技术知识,请相应用户请阅读本章【常见问题与方案】一节学习 R 在 Linux 发行版下的安装。

上述的 x.x.x 指代 R 的版本号,目前是 3.6.3(2020-03),以用户下载时的实际版本号为准。

对于 MacOS 系统用户,下载后直接双击一路向下进行傻瓜式操作即可安装成功。

对于 Windows 系统用户,根据笔者几年的安装和使用经验,安装时有一些额外的注意事项:

  1. Windows 一般包含多个盘符,请读者尽量不要将 R 安装在 Program files 这样有空格的目录或中文目录下。读者可以自行创建一个专门的工具用于安装 R 以及放置 R 的三方包,如 C:/Tools,见图 1.1
  2. 读者的电脑如果有 SSD 固态硬盘,最好将 R 安装到固态硬盘目录里,因为读写数据快。
  3. 一般现在电脑是 64 位的,如果你确定是这样,在安装时有关于 32 位的选项都可以不勾选,如图 1.2
  4. 如果涉及到添加环境变量/路径之类的步骤,勾选添加即可。
  5. 以上没提到的,一路点下一步。
设置安装路径

图 1.1: 设置安装路径

只选择 64 位

图 1.2: 只选择 64 位

在 Windows 或 MacOS 下读者如果想要安装含有像 C++ 这样的源码的包,需要安装编译工具如 g++,这些编译工具都被 R 语言团队打包成了 Rtools,如果读者有这方面的需求,请阅读本章【常见问题与方案】一节学习 Rtools 的安装。

1.2 RStudio 的下载和安装

点击链接 https://rstudio.com/products/rstudio/download/ 进入 RStudio 下载界面,根据自己的操作系统选择适合的安装文件进行安装即可,如图 1.3

下载 RStudio

图 1.3: 下载 RStudio

RStudio 的安装非常简单,没有特别的注意事项,读者可以直接一路点击向下。另外,读者可以自定义 RStudio 的安装路径,这不会影响 R 的使用。

RStudio 安装完成后可以像普通软件一样搜索和双击打开,如图 1.4

RStudio 界面

图 1.4: RStudio 界面

下面对 RStudio 的界面进行简单介绍,读者在后续的使用中将会逐渐熟悉。

  • 最上方是菜单栏,所有的功能都可以通过它们找到,没事可以多点一点。
  • 左上方是代码编辑窗口,平时写代码的地方。
  • 左下方是 R 控制台(还有终端和任务设定),我们可以通过控制台键入命令并观察 R 的输出(在代码编辑窗口中通过 Ctrl + Enter 快捷键可以将光标行代码发送到控制台,非常有用)。
  • 整个右方是一些辅助窗口,最重要的是右上方的环境 Environment 窗口(用于展示当前环境中的对象:包括变量、函数等)和下方的 5 个窗口:Files、Plots、Packages、Help 以及 Viewer。

1.3 配置(可选)

下面的说明针对的是 Windows 系统,但对于其他系统也可以进行类似的设定。

Windows 下的 R 默认使用用户文档目录作为家目录(等同于 Linux 中的~),使用系统指定的临时目录作为临时目录,使用安装路径下的 R版本/library 目录作为 R 包存储目录。

如果读者什么都选择默认的,

  • 当你一时安装包过多,或者装了电脑管家之类的管理软件时,系统的临时目录经常会把 RStudio 锁死,导致不能进行读写。
  • 当你想要更新 R 版本时,有时你不得不面临重装所有包的举动(如果你使用几个月,装了几百个包…),或者想其他办法解决。

下面介绍如何创建自定义的临时目录与包目录,这样上面情况都不会发生了。

读者在安装好 R 和 RStudio 后,打开 RStudio,在 R 控制台键入:

在启动RStudio时,RStudio会首先执行里面的 R 代码,所以我们可以在这里用 R 代码进行配置。

首先在该文档内添加内容:

然后根据情况对上述内容中的目录设定进行修改即可。

pacman 那段代码是可选的,该包是 library() 函数的替代品,使用它安装和管理 R 包更简单。具体的使用方法可以点击阅读我之前的简书文章。

这里为了方便大家使用,我添加了一些必要注释,如果上述配置存在问题,读者可以发邮件给我。

保存后重启 RStudio 或者点击菜单栏 Session 下的 Restart R

以后 RStudio 每次启动后都会输出读者计算机中 R 包的存储路径和它使用的临时路径。读者如果以后升级 R,只要重装下 R 安装文件就可以了,R 包的目录并不会改动,键入下面的命令可以更新所有的 R 包:

1.4 常见问题与方案

除了本节目前罗列的问题,读者在学习本章内容时遇到的其他问题都可以通过 GitHub Issue 提出和进行讨论。如果读者提出的是通性问题,将增补到该节。

1.4.1 R 在 Linux 系统下的安装

1.4.1.1 Ubuntu 从源安装 R

下述操作基于在 Ubuntu 18 系统上安装 R 3.5 的实践。

$ 前缀指明命令在 shell 终端中进行。

安装依赖:

下载与安装 R:

创建符号链接:

检查:

使用:

如果遇到编译问题和报错,读者可以参考下面两篇博文:

1.4.1.2 CentOS 从源安装 R

下述操作基于在 CentOS 系统上安装 R 3.6 的实践。

$ 前缀指明命令在 shell 终端中进行。

首先切入 root 账户。

安装 R 编译依赖:

消灭界面configure警告:configure: WARNING: neither inconsolata.sty nor zi4.sty found: PDF vignettes and package manuals will not be rendered optimally

下载 R 并解压:

编译安装

这里 prefix 后面的路径可以自己指定。

然后

最后可以把它链接到常用软件位置上去。

1.4.2 Rtools 安装

1.4.2.1 Windows 系统 Rtools

点击链接 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/ 进入 CRAN 页面,依次点击【Download R for Windows】、【Rtools】,然后选择推荐的版本下载和安装,如图 1.5

Windows 下 Rtools 的下载

图 1.5: Windows 下 Rtools 的下载

安装时一路点击向下,建议不要修改安装路径,因为 R 的很多编译环境变量设定都指向默认的安装路径,读者如果修改它后续很可能引起不必要的麻烦。

1.4.2.2 MacOS 系统 Rtools

点击链接 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/ 进入 CRAN 页面,依次点击【Download R for Mac OS X】、【tools】,然后选择最新版的 clang-x.x.x.pkggfortran-x.x.x.pkg 下载和安装即可,如图 1.6

x.x.x 指代版本号,如 8.0.0

MacOS 下 Rtools 的下载

图 1.6: MacOS 下 Rtools 的下载

1.4.3 RStudio Server 安装

RStudio Server 比较好用,适用于安装在小型服务器上以方便多人同时利用服务器的计算资源。需要注意,RStudio Server 的安装需要管理员(root)权限。

点击链接 https://rstudio.com/products/rstudio/download-server/ 进入 RStudio Server 下载页面,针对不同的 Linux 发行版,RStudio 公司已经有良好的文档支持,所以我不再赘述。

在使用 RStudio Server 时我有一个小小的建议,如我在前面的配置一节所说,读者可以自己创建一个专门的目录管理所有的 R 包。并且针对该目录,建议新建一个 Linux 群组以管理它的访问权限。

这里简介一下安装后添加其他人,以增加用户 rotation 为例: