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sigmoid 的数学与计算实现
python
machine-learning
深度学习中的 Sigmoid 激活函数的定义公式为:
Oct 21, 2024
Shixiang Wang
准备CNS阅读简记
CNS简记
准备系统地弄一些文献阅读的计划,增强下自己的内在功底,针对性的写/记录一些笔记。
Oct 15, 2024
Shixiang Wang
随想
random
了解的越多,才知道懂的不多。
May 3, 2024
Shixiang Wang
近期摘录
random
当技术变得隐形时才是最强大的。
Apr 29, 2024
Shixiang Wang
sratools networking issue
bioinformatics
在使用 sratools 的 fastq-dump 时出现了成片的问题信息:
Apr 22, 2024
Shixiang Wang
single cell 处理笔记
bioinformatics
scRNA-seq
note
今天请教了下朝晔单细胞处理的一些细节,这里做个记录。
Apr 16, 2024
Shixiang Wang
Discordant and clipped reads
bioinformatics
From Kimi, 可靠性自己判断。
Apr 15, 2024
Shixiang Wang
第一/二类型错误
stats
From Kimi
Apr 11, 2024
Shixiang Wang
R 设置编译选项
Linux
R
在 R 中,特别是 CentOS Linux 进行包安装和编译时,需要使用比较新的 C/C++ 编译器,在
~/.R/Makevars
中作如下设置。
Mar 20, 2024
Shixiang Wang
snakemake 教程精要
snakemake
note
这里把 Snakemake 教程 的精要记录了下来。
Feb 28, 2024
Shixiang Wang
Can I run VS Code Server on older Linux distributions
Linux
note
VSCode 的不断更新导致最新版本 Remotes 已经在一些 Linux server 上不再支持,这里记录下官方的解决办法,就是将版本降级到 1.85
Feb 25, 2024
Shixiang Wang
use singularity
note
container
Singularity 日常使用
文档
https://singularityhub.github.io/
https://cloud.sylabs.io/library
Feb 23, 2024
Shixiang Wang
telescope installation
bioinformatics
注意这个帖子的有效性可能在未来某一天丧失。
Feb 20, 2024
Shixiang Wang
回广州路上的感想
personal
年后开车回广州太堵了,打破了国庆离开广州回老家开车的时长。 考虑到不会再在广州待这样的大长假了,应该以后不会再有类似的经历?
Feb 20, 2024
Shixiang Wang
shiny plot dpi
personal
R
96 is recommended.
Feb 12, 2024
Shixiang Wang
免疫
note
免疫
细胞因子的分类:
Jan 22, 2024
Shixiang Wang
解决 GitHub 代码拉取和推送问题
note
Linux
git
国内 Linux 服务器有时候存在 GitHub 仓库无法 push 或 pull 的问题,这里主要记录下修改 hosts 来解决该问题(注意不是 100% 有效)
Jan 17, 2024
Shixiang Wang
R 针对数据进行惰性加载
R
shiny
在做 Shiny 开发时,有些数据太大,非常影响加载数据,这里提供了一种 lazyloading 策略,可以值得一试。
Dec 25, 2023
Shixiang Wang
随便聊两句,可能不一定有意义
random
近两年文章看的少。
Dec 20, 2023
Shixiang Wang
诗歌存档
诗
存档下研究生期间写的一些诗,主要从简书搬运过来。大抵作于16年底到19年初。
Dec 12, 2023
Shixiang Wang
少年时
诗
这里主要存储下大学期间随笔写作经整理的诗篇。
Dec 12, 2023
Shixiang Wang
The world is not all sunshine and rainbows
random
刷短视频的时候看到小孩跟史泰龙激情地对一段电影(洛奇)台词,把它翻找了出来,记录一下。
Dec 8, 2023
Shixiang Wang
E pluribus unum: From Complexity, Universality
random
标题是陶哲轩于 2012 年发表的一篇论文题目,表达了从多样性、复杂性中产生统一、普遍性的意念。这可以涉及到社会、科学、文化或其他领域,强调在多样性和复杂性中寻找普遍性原则或价值观。
Dec 7, 2023
Shixiang Wang
从 Faker 夺冠讨论竞争与热爱
thought
好的想法需要记录,在这里动笔前,昨天睡前的好想法差点从指缝中溜走。
Nov 21, 2023
Shixiang Wang
谈谈使用过的代码编辑器
R
bioinformatics
最近在使用 JupyterLab 时感觉受挫,想简单总结下自己这些年使用过的代码编辑器(有较长的使用时间)。
Nov 15, 2023
Shixiang Wang
随想
random
没有问题只有目标的数据分析,就像人有大脑却缺乏灵魂。
Nov 14, 2023
Shixiang Wang
SRA 测序数据下载和处理三部曲
note
bioinformatics
这里简单记录和备忘下下载和预处理 SRA 数据我常用的三个基本步骤。
Nov 13, 2023
Shixiang Wang
dont forget
random
不要忘记,有一个诺贝尔奖的梦。
Oct 29, 2023
Shixiang Wang
南京行记 两首
诗
Oct 27, 2023
Shixiang Wang
聊聊开源协议:我们可以免费使用开源软件吗?
thought
答案是 YES!!!
Oct 19, 2023
Shixiang Wang
结合 quarto 出版系统和 webr 技术
R
这是一个简单的例子,直接通过浏览器运行 webr 技术来实时运行 R 代码。你还可以实时修改代码进行交互式探索!
Oct 9, 2023
Shixiang Wang
2023 年诺贝尔生理或医学奖授予 KK
academic
news
personal
匈牙利科学家Katalin Karikó和美国科学家Drew Weissman获得了2023年诺贝尔生理学奖或医学奖,因为他们在核苷酸碱基修饰方面的发现,使得开发出针对COVID-19的有效mRNA疫苗成为可能。
Oct 9, 2023
Shixiang Wang
ShowMeAI 速查表
machine-learning
Python
resource
#分享# #AI# 今天看到 showmeAI(https://github.com/ShowMeAI-Hub),有一些速查表非常不错,这里整理分享给大家。 https://www.aliyundrive.com/s/mogzKzDSinf 点击链接保存,或者复制本段内容,打开「阿里云盘」APP ,无需下载极速在线查看,视频原画倍速播放。
Oct 7, 2023
Shixiang Wang
Shiny 开发学习路径
shiny
R
bioinformatics
生信领域越来越多的数据库/网页工具采用 Shiny 框架进行搭建,Shiny 的流行度/拓展性在随着时间增加。因此,掌握 Shiny 服务于自己的项目/课题成为生信人的一个新的技能。 在这篇文章中,作为一个有经验的 Shiny 学习者和 Shiny 工具的开发者,我将介绍学习和掌握 Shiny…
Sep 13, 2023
Shixiang Wang
检查 CPU 的使用量
Linux
bioinformatics
note
在 Linux 服务器上有时候需要检查下 CPU 的使用量,现在一般 server 的 CPU 都比较多,而在计算的时候 CPU 也是在动态切换的,像 htop 这种命令输出可以直观的看大体有多少被占用,但没法得到具体的数值。 而传统的指标 cpu load,一般也不太会去看,我们在运算时想的是尽量占用剩余的…
Sep 13, 2023
Shixiang Wang
MAPQ(映射质量)与-AS(比对得分)
bioinformatics
今天看 bwa mem 的
-q
选项,非常困惑:“-q, Don’t reduce the mapping quality of split alignment of lower alignment score”。 与我原来想象中 mapping quality 和 alignment score…
Sep 12, 2023
Shixiang Wang
discourse on the method
academic
note
thought
笛卡尔在《方法论》中揭示了科学研究和发明创造的普适方法,并概括为 4 个步骤:
Sep 4, 2023
Shixiang Wang
circRNA鉴定流程-使用手册
bioinformatics
本系统提供了一个使用四种方法(CIRIquant、Circexplorer2、find_circ和circRNA_finder)从转录组双端测序的FASTQ文件中轻松且可重复地检测环状RNA(circRNA)的计算流程。
Sep 3, 2023
Shixiang Wang
pnas
random
想发一篇 PNAS,希望 3 年内能达成。
Aug 31, 2023
Shixiang Wang
normalize data 和 scale data 的差异
note
stats
“Normalize data” 和 “scale data” 都是数据预处理的步骤,但它们在具体操作和效果上有所不同。
Aug 17, 2023
Shixiang Wang
caddyfile
note
Linux
Caddy 是一个反向代理工具,自动支持 https。 这里我记录下之前弄的代理配置,免得服务器到期了这段经验被遗忘掉了。
Aug 11, 2023
Shixiang Wang
Duplication Rate 经验值
note
bioinformatics
最近处理 RNA-Seq 的原始数据,用 fastp 发现 duplication rate 很高,有不少 60% 的,比较奇怪。
Aug 1, 2023
Shixiang Wang
Single-cell Workshop 2021 - 03 - 细胞相互作用分析
note
scRNA-seq
R
学习资料:GitHub 地址
Jul 31, 2023
Shixiang Wang
Single-cell Workshop 2021 - 02 - 聚类和细胞类型鉴定
note
scRNA-seq
R
学习资料:GitHub 地址
Jul 26, 2023
Shixiang Wang
小记(往昔)
诗
以时间倒序的形式备份下「小记」中写的部分诗。
Jul 25, 2023
Shixiang Wang
2023-07-25
journal
为什么事情容易堆积在一起发生?
Jul 25, 2023
Shixiang Wang
学术的价值观
academic
这篇小文主要是记录、推荐和分享下吴思涵 Lab 的科学价值观条目。
Jul 21, 2023
Shixiang Wang
你认同生物信息学不属于科学吗?
thought
academic
刚看到 Zuguang Gu 发的推文,唔,国内生物学术界有这种看法我是生气的,并认为可耻。 因为这里的某个研究机构在收到求职信时,都没有了解过这个领域和它的贡献就妄下评判。 这体现一种自傲与无知。就没有想过世界存在即有理由吗?评估学术求职者考虑的不应该是 学科建设的契合度,求职人的科研态度、经历、成果吗?
Jul 21, 2023
Shixiang Wang
2023-07-20
journal
今天很是犯困😪,很困。
Jul 20, 2023
Shixiang Wang
2023-07-18
journal
Without hard work, nothing grows but weeds.
Jul 18, 2023
Shixiang Wang
Single-cell Workshop 2021 - 01 - scRNASeq 分析基础
note
scRNA-seq
R
学习资料:https://holab-hku.github.io/Fundamental-scRNA/
Jul 13, 2023
Shixiang Wang
2023-07-13
journal
今天还是摘要书中看到的话。
Jul 13, 2023
Shixiang Wang
2023-07-12
journal
machine-learning
在看文献的时候发现一个自监督学习,我看英文有个 supervise,以为这是带标签的学习,了解后发现原来并非如此。这里记录下 ChatGPT 关于自监督学习和监督学习的回答。以后有机会实践深入了解下。
Jul 12, 2023
Shixiang Wang
scrna 核心工具
note
scRNA-seq
Repo {scrna-recom} 单细胞综述文章关于单细胞转录组分析的流程、软件、安装等的一些说明。这里我主要是拷贝下其中关于核心工具的整理,防止迷失。
Jul 10, 2023
Shixiang Wang
2023-07-10
journal
今天终于看完了《癌生物学》,具体而言,是「珠江肿瘤」公众号整理的中文版《癌生物学》的内容。
Jul 10, 2023
Shixiang Wang
might & right
note
摘录一句话。
Jul 10, 2023
Shixiang Wang
2023-07-06
journal
顾神昨天公众号吐槽他的海外优青没有上会,我深表遗憾。
Jul 6, 2023
Shixiang Wang
生物医学能离开生物信息学吗?
thought
不能。
Jul 6, 2023
Shixiang Wang
博客 links
note
之前在构建个人域名网站 <shixiangwang.work> 时,把浏览器书签的所有博客链接都进行了整理。
Jul 2, 2023
Shixiang Wang
2023-07-02
journal
今天摘录从书中看到的一句话。
Jul 2, 2023
Shixiang Wang
2023-06-28
journal
坚持学习,坚持同一种内容的学习。
Jun 28, 2023
Shixiang Wang
2023-06-27
journal
今天记录在《经济学讲义》中看到的一句话:
Jun 27, 2023
Shixiang Wang
2023-06-26
journal
疫情之后抗感冒能力确实变得更加糟糕了,上一次二阳(本以为是重感冒)十多天之后在端午之前终于感觉到差不多好了,端午去了趟深圳回家又感觉不好了,特别是前天晚上睡觉时突然感觉喉咙很痒,频繁咳嗽,把自己咳起来去喝水。
Jun 26, 2023
Shixiang Wang
lmtest 似然比检验Likelihood Ratio Test 比较两个线性模型
stats
R
Survival 模型交互项:
Jun 26, 2023
Shixiang Wang
使用 Just 重复构建
Linux
Just(https://just.systems/)是一个命令行运行容器,它只是简单的运行你输入的命令,以方便重复构建。
Jun 14, 2023
Shixiang Wang
应该写写日记
journal
吴军在《阅读与写作讲义》中写道工作日记、读书心得以及对特殊经历的记录值得人写下来。
Jun 14, 2023
Shixiang Wang
准备好应对验证
bioinformatics
thought
个人感觉有效地验证的必要的,但过度的验证是次要的。但作为一个生信从业者,当文章投出去之后,总会遇到认为全世界的数据(包括原始数据)都供你可用的,任意挥霍的评审人。我并不认为这是真正的专家,因为它把一个次要的问题当作major concern,由此来否决你整个方法研究的科学性。
Jun 12, 2023
Shixiang Wang
概率与似然——摘要
stats
概率(probability)和似然(Likelihood)是两个经常被混淆使用的概念。
Jun 1, 2023
Shixiang Wang
scRNA-seq_online 00:包准备
bioinformatics
scRNA-seq
参考资料:https://hbctraining.github.io/scRNA-seq_online/
May 31, 2023
Shixiang Wang
TCCIA:第一个连接CircRNA和免疫治疗的数据库
bioinformatics
shiny
CircRNA是一种形成闭环结构的RNA类型,已被证明在调节基因表达方面发挥重要作用。 然而,CircRNA在免疫治疗中的作用和标志物潜能仍未被充分研究。我们很高兴地向大家介绍TCCIA(The Cancer CircRNA Immunome…
May 29, 2023
Shixiang Wang
nextflow 运行 singularity no space left
debug
运行 nextflow 时报错没有空间:
May 23, 2023
Shixiang Wang
Start a new research direction
academic
Copied from a slide (Liulab?).
May 12, 2023
Shixiang Wang
Single-cell sequencing protocols
bioinformatics
note
From https://www.sc-best-practices.org/introduction/scrna_seq.html
May 12, 2023
Shixiang Wang
晒晒娃和Y叔R书的合照
personal
R
买了一本Y叔最新出的新书,出版社的张编辑又送了一本,这里晒一下崽崽和图书的照片。
Apr 8, 2023
Shixiang Wang
随想
personal
越长大,突然明白这个世界都是在玩一场资源分配的游戏。
Apr 8, 2023
Shixiang Wang
ChatGPT 帮助我理解 Rust 的所有权
Rust
AI
这篇文章以我和 ChatGPT 的问答进行。
Mar 29, 2023
Shixiang Wang
Welcome To My Blog
news
This is the first post in a Quarto blog. Welcome!
Mar 28, 2023
Shixiang Wang
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