Write programs that do one thing and do it well. – Reasoning

Bizard 项目成员招募与说明

Bizard

前几天，我们正式官宣了「Bizard（白泽）：生物医学可视化开源图鉴——一个社区项目的招募与探索」，引发了一些反响，许多朋友和粉丝进行了分享转发，有的朋友提供了项目方向的宝贵建议，有的小伙伴提出了参与的想法，我们也初步邀请了一些老师和公众号参与。这篇推文的目的是就上次未尽之处加以说明，另外也诚挚地邀请符合要求的老师/同学积极参与贡献。

Bizard（白泽）：生物医学可视化开源图鉴——一个社区项目的招募与探索

Bizard

发起人：罗鹏、王诗翔、李剑峰、曾健明

PPT 安装快捷访问栏

Office

Mac 下步骤：

random

journal

世界本质上是什么东西？生命本质上是什么东西？生物信息学本质上是什么东西？我又是个什么东西？

肿瘤生信，研究科学还是技术？

AI

作为一个肿瘤生物信息学研究者，你觉得把研究精力和重点放在科学还是放在技术？

LLM 能否自举以及在生信结构数据中应用

AI

记录下我和 DeekSeek 关于 LLM 的 2 轮对话。

新年想法与目标

journal

目标

今天是大年初一，2025 年的 1 月也基本上要结束了。新年新气象，给懒惰的自己（许多天没有使用电脑了）清理下脑子，梳理下目标，提下干劲。

随笔

journal

人不是逻辑的机器，而是情感的奴隶。

2025 Flag

journal

一元复始，万象归一。

关于国自然进展报告的吐槽

journal

academic

国自然24年限制了进展报告填写的要求，这本身是一件好事，体现了基金委在这方面想要有所为。作为国自然第一次填写进展报告的萌新，我前几天填了进展报告，但被打回，一直想写一下其中的槽点。今天终于抽空动笔简要记录下。

Ubuntu 限制服务器用户计算资源

Linux

服务器是公共计算资源，在管理自己的服务器时发现学生可能会使用过多资源，从而影响其他人，这不太好。因此，检索了网络上当前在这一块怎么进行配置的情况，我使用的是 Ubuntu，实际测试后发现很多设计cgroup的教程都没起到作用（搞不清为啥），最后在一篇博文找到了合适的配置方式，这里记录下。

rhino 和 shiny 开发笔记

R

note

shiny

Web-dev

学习和记录rhino 和 shiny 教程的笔记

读《自我突围》

note

academic

edu

最近在读施一公院士的首部作品《自我突围》，这本书介绍了他的人生经历、所思所想、建言献策等，是一部了解他人生观，以及相关人物的不错作品。通过这本图书，我也是首次走进了施一公先生的人生图景，旁观了他对于三观的体验与感悟。

冷门的追求 - 书摘

journal

academic

note

今天无意中通过知乎看到一篇非常引入入胜的演讲文章，从题目到内容都发人深省，难得的是，这是1981年的观点，我却觉得丝毫不过时。未免记忆和资料丢失，我这里人工搬运到自己的网站，以后有机会再多看看，警惕自身、塑造远见。

Learn English by Chunk

thought

edu

note

在接触英文的学习中，不应该不断重复地单独去学习单个单词，而是以词组（块）的形式去学习、阅读、理解英文。从发音来说，也就是要学习连读发音。

REST API 和 GraphQL API的异同？

Web-dev

note

在学习的过程中有该疑问，询问 AI 和记录下。

random - 书摘

journal

道可顿悟，事须渐修。

既不喜欢，也不讨厌

journal

thought

edu

今天在同妹妹的闲聊中得到她对于当前大学所学习专业的感受，“既不喜欢，也不讨厌”，我恍然中回到了我自己的大一的时候（12年前了），也是这般的感受，不仅仅是我自己，周围听到的也大多数是这种声音。我突然间有了一些个人感慨和领悟，当然可能是片面的，那就是：如果我们国家的高等教育能够显著地（不一定都改变了，而是发生了显著地增加）将这种“既不喜欢，也不讨厌”…

Zero Shot, One Shot 和 Few Shot

AI

在大语言模型中有这几个相似的概念，区别在于，传统的模型需要通过梯度下降等方式来更新和预测新的任务，而针对大语言模型，更针对的说是预训练模型，我们在实际使用时给出一些例子，会让结果更好。

我记得

journal

记忆是那么不牢固，我们一辈子又深陷其中，它追溯到我们来的时候，去往我们不可预知又必然而然的终点。

sigmoid 的数学与计算实现

Python

machine-learning

深度学习中的 Sigmoid 激活函数的定义公式为：

准备CNS阅读简记

CNS-note

准备系统地弄一些文献阅读的计划，增强下自己的内在功底，针对性的写/记录一些笔记。

随想

journal

了解的越多，才知道懂的不多。

近期摘录

journal

当技术变得隐形时才是最强大的。

sratools networking issue

bioinformatics

在使用 sratools 的 fastq-dump 时出现了成片的问题信息：

single cell 处理笔记

bioinformatics

scRNA-seq

note

今天请教了下朝晔单细胞处理的一些细节，这里做个记录。

Discordant and clipped reads

bioinformatics

From Kimi, 可靠性自己判断。

第一/二类型错误

stats

R 设置编译选项

Linux

R

在 R 中，特别是 CentOS Linux 进行包安装和编译时，需要使用比较新的 C/C++ 编译器，在 ~/.R/Makevars 中作如下设置。

snakemake 教程精要

snakemake

note

这里把 Snakemake 教程的精要记录了下来。

Can I run VS Code Server on older Linux distributions

Linux

note

VSCode 的不断更新导致最新版本 Remotes 已经在一些 Linux server 上不再支持，这里记录下官方的解决办法，就是将版本降级到 1.85

use singularity

note

container

Singularity 日常使用

https://singularityhub.github.io/

https://cloud.sylabs.io/library

telescope installation

bioinformatics

注意这个帖子的有效性可能在未来某一天丧失。

回广州路上的感想

journal

年后开车回广州太堵了，打破了国庆离开广州回老家开车的时长。考虑到不会再在广州待这样的大长假了，应该以后不会再有类似的经历？

shiny plot dpi

note

R

shiny

96 is recommended.

免疫

note

TME

细胞因子的分类：

解决 GitHub 代码拉取和推送问题

note

Linux

git

国内 Linux 服务器有时候存在 GitHub 仓库无法 push 或 pull 的问题，这里主要记录下修改 hosts 来解决该问题（注意不是 100% 有效）

R 针对数据进行惰性加载

R

shiny

在做 Shiny 开发时，有些数据太大，非常影响加载数据，这里提供了一种 lazyloading 策略，可以值得一试。

随便聊两句，可能不一定有意义

journal

近两年文章看的少。

少年时

poem

这里主要存储下大学期间随笔写作经整理的诗篇。

诗歌存档

poem

存档下研究生期间写的一些诗，主要从简书搬运过来。大抵作于16年底到19年初。

The world is not all sunshine and rainbows

journal

刷短视频的时候看到小孩跟史泰龙激情地对一段电影（洛奇）台词，把它翻找了出来，记录一下。

E pluribus unum: From Complexity, Universality

journal

标题是陶哲轩于 2012 年发表的一篇论文题目，表达了从多样性、复杂性中产生统一、普遍性的意念。这可以涉及到社会、科学、文化或其他领域，强调在多样性和复杂性中寻找普遍性原则或价值观。

从 Faker 夺冠讨论竞争与热爱

thought

好的想法需要记录，在这里动笔前，昨天睡前的好想法差点从指缝中溜走。

谈谈使用过的代码编辑器

R

bioinformatics

最近在使用 JupyterLab 时感觉受挫，想简单总结下自己这些年使用过的代码编辑器（有较长的使用时间）。

随想

journal

没有问题只有目标的数据分析，就像人有大脑却缺乏灵魂。

SRA 测序数据下载和处理三部曲

note

bioinformatics

这里简单记录和备忘下下载和预处理 SRA 数据我常用的三个基本步骤。

dont forget

journal

不要忘记，有一个诺贝尔奖的梦。

南京行记两首

poem

聊聊开源协议：我们可以免费使用开源软件吗？

thought

答案是 YES!!!

结合 quarto 出版系统和 webr 技术

R

这是一个简单的例子，直接通过浏览器运行 webr 技术来实时运行 R 代码。你还可以实时修改代码进行交互式探索！

2023 年诺贝尔生理或医学奖授予 KK

academic

news

匈牙利科学家Katalin Karikó和美国科学家Drew Weissman获得了2023年诺贝尔生理学奖或医学奖，因为他们在核苷酸碱基修饰方面的发现，使得开发出针对COVID-19的有效mRNA疫苗成为可能。

ShowMeAI 速查表

machine-learning

Python

resource

#分享# #AI# 今天看到 showmeAI（https://github.com/ShowMeAI-Hub），有一些速查表非常不错，这里整理分享给大家。 https://www.aliyundrive.com/s/mogzKzDSinf 点击链接保存，或者复制本段内容，打开「阿里云盘」APP ，无需下载极速在线查看，视频原画倍速播放。

Shiny 开发学习路径

shiny

R

bioinformatics

生信领域越来越多的数据库/网页工具采用 Shiny 框架进行搭建，Shiny 的流行度/拓展性在随着时间增加。因此，掌握 Shiny 服务于自己的项目/课题成为生信人的一个新的技能。在这篇文章中，作为一个有经验的 Shiny 学习者和 Shiny 工具的开发者，我将介绍学习和掌握 Shiny…

检查 CPU 的使用量

Linux

bioinformatics

note

在 Linux 服务器上有时候需要检查下 CPU 的使用量，现在一般 server 的 CPU 都比较多，而在计算的时候 CPU 也是在动态切换的，像 htop 这种命令输出可以直观的看大体有多少被占用，但没法得到具体的数值。而传统的指标 cpu load，一般也不太会去看，我们在运算时想的是尽量占用剩余的…

MAPQ（映射质量）与-AS（比对得分）

bioinformatics

今天看 bwa mem 的 -q 选项，非常困惑：“-q, Don’t reduce the mapping quality of split alignment of lower alignment score”。与我原来想象中 mapping quality 和 alignment score…

discourse on the method

academic

note

thought

笛卡尔在《方法论》中揭示了科学研究和发明创造的普适方法，并概括为 4 个步骤：

circRNA鉴定流程-使用手册

bioinformatics

本系统提供了一个使用四种方法（CIRIquant、Circexplorer2、find_circ和circRNA_finder）从转录组双端测序的FASTQ文件中轻松且可重复地检测环状RNA（circRNA）的计算流程。

pnas

journal

想发一篇 PNAS，希望 3 年内能达成。

normalize data 和 scale data 的差异

note

stats

“Normalize data” 和 “scale data” 都是数据预处理的步骤，但它们在具体操作和效果上有所不同。

caddyfile

note

Linux

Caddy 是一个反向代理工具，自动支持 https。这里我记录下之前弄的代理配置，免得服务器到期了这段经验被遗忘掉了。

Duplication Rate 经验值

note

bioinformatics

最近处理 RNA-Seq 的原始数据，用 fastp 发现 duplication rate 很高，有不少 60% 的，比较奇怪。

Single-cell Workshop 2021 - 03 - 细胞相互作用分析

note

scRNA-seq

R

学习资料：GitHub 地址

Single-cell Workshop 2021 - 02 - 聚类和细胞类型鉴定

note

scRNA-seq

R

学习资料：GitHub 地址

小记（往昔）

poem

以时间倒序的形式备份下「小记」中写的部分诗。

2023-07-25

journal

为什么事情容易堆积在一起发生？

学术的价值观

academic

这篇小文主要是记录、推荐和分享下吴思涵 Lab 的科学价值观条目。

你认同生物信息学不属于科学吗？

thought

academic

刚看到 Zuguang Gu 发的推文，唔，国内生物学术界有这种看法我是生气的，并认为可耻。因为这里的某个研究机构在收到求职信时，都没有了解过这个领域和它的贡献就妄下评判。这体现一种自傲与无知。就没有想过世界存在即有理由吗？评估学术求职者考虑的不应该是学科建设的契合度，求职人的科研态度、经历、成果吗？

2023-07-20

journal

今天很是犯困😪，很困。

2023-07-18

journal

Without hard work, nothing grows but weeds.

2023-07-13

journal

今天还是摘要书中看到的话。

Single-cell Workshop 2021 - 01 - scRNASeq 分析基础

note

scRNA-seq

R

学习资料：https://holab-hku.github.io/Fundamental-scRNA/

2023-07-12

journal

machine-learning

在看文献的时候发现一个自监督学习，我看英文有个 supervise，以为这是带标签的学习，了解后发现原来并非如此。这里记录下 ChatGPT 关于自监督学习和监督学习的回答。以后有机会实践深入了解下。

might & right

note

摘录一句话。

scrna 核心工具

note

scRNA-seq

Repo {scrna-recom} 单细胞综述文章关于单细胞转录组分析的流程、软件、安装等的一些说明。这里我主要是拷贝下其中关于核心工具的整理，防止迷失。

2023-07-10

journal

今天终于看完了《癌生物学》，具体而言，是「珠江肿瘤」公众号整理的中文版《癌生物学》的内容。

生物医学能离开生物信息学吗？

thought

2023-07-06

journal

顾神昨天公众号吐槽他的海外优青没有上会，我深表遗憾。

博客 links

note

之前在构建个人域名网站 <shixiangwang.work> 时，把浏览器书签的所有博客链接都进行了整理。

2023-07-02

journal

今天摘录从书中看到的一句话。

2023-06-28

journal

坚持学习，坚持同一种内容的学习。

2023-06-27

journal

今天记录在《经济学讲义》中看到的一句话：

lmtest 似然比检验Likelihood Ratio Test 比较两个线性模型

stats

R

Survival 模型交互项：

2023-06-26

journal

疫情之后抗感冒能力确实变得更加糟糕了，上一次二阳（本以为是重感冒）十多天之后在端午之前终于感觉到差不多好了，端午去了趟深圳回家又感觉不好了，特别是前天晚上睡觉时突然感觉喉咙很痒，频繁咳嗽，把自己咳起来去喝水。

应该写写日记

journal

吴军在《阅读与写作讲义》中写道工作日记、读书心得以及对特殊经历的记录值得人写下来。

使用 Just 重复构建

Linux

Just（https://just.systems/）是一个命令行运行容器，它只是简单的运行你输入的命令，以方便重复构建。

准备好应对验证

bioinformatics

thought

个人感觉有效地验证的必要的，但过度的验证是次要的。但作为一个生信从业者，当文章投出去之后，总会遇到认为全世界的数据（包括原始数据）都供你可用的，任意挥霍的评审人。我并不认为这是真正的专家，因为它把一个次要的问题当作major concern，由此来否决你整个方法研究的科学性。

概率与似然——摘要

stats

概率(probability)和似然(Likelihood)是两个经常被混淆使用的概念。

scRNA-seq_online 00：包准备

bioinformatics

scRNA-seq

参考资料：https://hbctraining.github.io/scRNA-seq_online/

TCCIA：第一个连接CircRNA和免疫治疗的数据库

bioinformatics

shiny

CircRNA是一种形成闭环结构的RNA类型，已被证明在调节基因表达方面发挥重要作用。然而，CircRNA在免疫治疗中的作用和标志物潜能仍未被充分研究。我们很高兴地向大家介绍TCCIA（The Cancer CircRNA Immunome…

nextflow 运行 singularity no space left

debug

运行 nextflow 时报错没有空间：

Single-cell sequencing protocols

bioinformatics

note

From https://www.sc-best-practices.org/introduction/scrna_seq.html

Start a new research direction

academic

Copied from a slide (Liulab?).

晒晒娃和Y叔R书的合照

journal

R

买了一本Y叔最新出的新书，出版社的张编辑又送了一本，这里晒一下崽崽和图书的照片。

随想

journal

越长大，突然明白这个世界都是在玩一场资源分配的游戏。

ChatGPT 帮助我理解 Rust 的所有权

Rust

AI

这篇文章以我和 ChatGPT 的问答进行。

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